Fondamental

Les adverbes coordonnants (ou les locutions coordonnantes) doivent être suivis d'une virgule lorsqu'ils précèdent la proposition qu'ils introduisent.

• Cependant, tous ont compris.

En revanche, ils ne sont pas systématiquement entourés de virgule lorsque placés à l'intérieur de la proposition :

• Ils ont cependant tous compris.

Les conjonctions de coordination mais, ou, et, donc, et car ne sont normalement pas suivies de virgule :

• Car nous avons tous compris.

à moins que celle-ci ouvre une incise, et soit donc suivie en fin d'incise d'une autre virgule :

• Car, au moment où elle est arrivée, nous avons tous compris.

En revanche, or est volontiers suivi d'une virgule, y compris sans incise :

• Or, Pierre n'a jamais beaucoup aimé le sport.

Les conjonctions de subordination (ou les locutions conjonctives) ne sont jamais suivies de virgule :

• Ces méthodes doivent être utilisées avec précaution parce que certaines peuvent nuire à la communication avec autrui.

à moins que celle-ci ouvre une incise, et soit donc suivie en fin d'incise d'une autre virgule :

• Ces méthodes doivent être utilisées avec précaution parce que, si elles développent l'imagination, elles peuvent nuire à la communication avec autrui.